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Titelaufnahme

Titel
Microsatellites : identification, evolution and their development for the short arm of rye chromosome 1 / submitted by Robert Kofler
VerfasserKofler, Robert
Begutachter / BegutachterinLelley, Tamas ; Glössl, Josef
Betreuer / BetreuerinLelley, Tamas
Erschienen2008
UmfangII, 97 Bl. : graph. Darst.
HochschulschriftWien, Univ. für Bodenkultur, Diss., 2008
SpracheEnglisch
DokumenttypDissertation
Schlagwörter (DE)Mikrosatelliten / Bioinformatik / Pflanzenzüchtung / Roggen / Compound mikrosatelliten / molekulare Evolution / Software
Schlagwörter (EN)microsatellites / bioinformatics / plant breeding / rye / 1RS / compound microsatellites / molecular evolution / software
Schlagwörter (GND)Roggenzüchtung / Satelliten-DNS
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-17242 Persistent Identifier (URN)
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Microsatellites [0.83 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Der kurze Arm des Roggenchromosomes 1 (1RS) beherbergt eine Vielzahl an agronomisch und genetisch wichtigen Genen. Insgesamt wurden 76 Mikrosatellitenmarker für 1RS entwickelt. Von 726 Primerpaaren, produzierten 119 1RS spezifische Banden und 74 waren polymorph in einem Testerset bestehend aus 10 Roggengenotypen. Die 76 Mikrosatellitenmarker wurden physikalisch in eine von drei Regionen (bin) auf 1RS kartiert; 29 konnten der distalen, 30 der intercalaren und 17 der proximalen Region zugeordnet werden. Um Mikrosatelliten in Sequenzen zu identifizieren wurde eine benutzerfreundliche Software, SciRoKo entwickelt. Die Kombination von einem schnellen Algorithmus mit einem eingebauten Statistikmodul ermöglicht die Analyse ganzer Genome. Compound-mikrosatelliten (CMS) sind eine Variation der Mikrosatelliten, bei der zwei oder mehrere Mikrosatelliten aneinander angrenzen. Eine Analyse von CMS in acht vollständig sequenzierten Arten wurde durchgeführt. Ungefähr 4-25% aller Mikrosatelliten können Bestandteil eines CMS sein. Die meisten CMS entstehen wahrscheinlich durch Fehler in der Sequenz von normalen Mikrosatelliten, welche dann durch "Ausrutschen" der DNA-Polymerase kopiert werden. Dies lässt eine dynamischere Evolution von Mikrosatelliten vermuten, als bisher angenommen.

Zusammenfassung (Englisch)

The short arm of rye chromosome 1 (1RS) carries a variety of agronomically and genetically important genes. In summary, 76 microsatellite markers for 1RS were developed. From 724 designed primer pairs, 119 produced 1RS specific bands, and 74 showed polymorphism in a set of ten rye genotypes. The 76 microsatellite markers were physically mapped into three regions (bins) on 1RS; 29, 30 and 17 loci were assigned to the distal, intercalary and proximal regions of the 1RS arm, respectively. To identify microsatellites in genomic sequences a user-friendly software tool, SciRoKo, was developed. The combination of an extremely fast search algorithm with a built-in summary statistic tool makes SciRoKo highly suitable for whole genome analysis. Compound microsatellites are a special variation of microsatellites, in which two or more individual microsatellites are found directly adjacent to each other. An 'in silico' survey of microsatellite clustering in eight fully sequenced species was performed. Approximately 4-25% of all microsatellites may be compounded. It is shown that the majority of compound microsatellites originates by imperfections in the tracts of primary microsatellites, which are due to replication slippage duplicated in tandem. The findings suggest a more dynamic picture of microsatellite evolution than previously believed.