Zur Seitenansicht
 

Titelaufnahme

Titel
Retrotransposon-based variability in Pinot Noir clones revealed by S-SAP / Eva Clara Wegscheider
VerfasserWegscheider, Eva Clara
GutachterForneck, Astrid
Erschienen[2007]
Umfang44 Bl. : graph. Darst.
HochschulschriftWien, Univ. für Bodenkultur, Masterarb., 2007
Anmerkung
Zsfassung in dt. Sprache
SpracheDeutsch
Bibl. ReferenzOeBB
DokumenttypMasterarbeit
Schlagwörter (DE)Retrotransposon S-SAP Analyse Klonale Variation Pinot noir
Schlagwörter (EN)Retrotransposon S-SAP Analysis Clonal Variation Pinot noir
Schlagwörter (GND)Spätburgunder / Genetische Variabilität / Retrotransposon
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-14504 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
 Das Werk ist frei verfügbar
Dateien
Retrotransposon-based variability in Pinot Noir clones revealed by S-SAP [1.8 mb]
Links
Nachweis
Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die Rebsorte Pinot noir (Vitis vinifera L.) ist charakterisiert durch eine große klonale Variabilität, die durch spontan auftretende Mutationen entstanden ist. Ein möglicher Mechanismus der Mutationen im Genom auslöst, ist die Aktivität von Retrotransposone. Retrotransposone sind mobile genetische Elemente mit der Fähigkeit ihren Genort zu wechseln. Dadurch können sie sowohl die Struktur als auch die Funktion der Gene verändern. In dieser Arbeit wurde die genetische Diversität von fünf Pinot noir Klonen mittels einer S-SAP Analyse (Sequence-Specific Amplified Polymorphism) untersucht. Statt Sequenz-spezifischen Primern wurden allgemeine Transposon-Primer verwendet um unterschiedliche Retrotransposone ausfindig zu machen. Ziel der Untersuchung war einerseits die Effizienz dieser DNS-Analyse zur Differenzierung von Rebklonen zu testen, andererseits unbekannte Retrotransposon-Sequenzen im Rebengenom zu finden. Insgesamt wurden 30 Primer Kombinationen, sechs Retrotransposon-Primer kombiniert mit fünf selektiven MseI Primern, eingesetzt, die im Ganzen 670 Amplifikationsprodukte produzierten. Sequenzanalysen von vier beliebigen polymorphen Banden zeigten, dass es sich um Retrotransposon-Sequenzen handelt. Im Rahmen des durchgeführten Screenings wurden zwischen den Pinot noir Klonen maximal 4,8% polymorphe Marker entdeckt, wodurch eine genetische Unterscheidung von vier Klonen möglich war. Dieses Ergebnis zeigt die Eignung der S-SAP Analyse zur zukünftigen Gewinnung von molekularen Markern, die für die Identifizierung engverwandter Rebklone und generell in der Rebenzüchtung Verwendung finden können.

Zusammenfassung (Englisch)

The grapevine cultivar Pinot noir (V. vinifera L. ) is characterised by phenotypic variability, originating through spontaneously occurring mutations. One potential source for mutations within the grapevine genomes are transpositional activities of retrotransposons. Ubiquitous in plant genomes, retrotransposons possess the capability to change their genomic location and increase their copy number. Thus, they can generate transpositional polymorphism. In this study clonal variation among five Pinot noir clones was studied, implementing the retrotransposon-based marker system S-SAP (sequence-specific amplified polymorphism). The goal was to target retrotransposon sequences within the grapevine genome and to test the efficiency of the S-SAP method in the differentiation of Pinot noir clones. The fingerprinting procedure was modified by utilising universal transposon primers instead of sequence-specific primers, whereby it was expected to target a wider spectrum of retrotransposon sequences in the grapevine genome. In total 670 amplification products were generated by 30 primer combinations (6 universal retrotransposon primers combined with 5 selective MseI primers). Sequence analyses of four randomely chosen polymorphic markers indicated target LTR sequences of retrotransposons. Among the Pinot noir clones 4, 8% polymorphism was revealed, which allowed differentiation among four of five clones. These results confirmed the efficiency of S-SAP as a promising marker system for future studies in grapevine.