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Titelaufnahme

Titel
Localization of rDNA genes by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) in Prunus species / Birgit Schmöllerl
VerfasserSchmöllerl, Birgit
GutachterLaimer Da Camara Machado, Margit
Erschienen2009
UmfangXV, 86 Bl. : Ill., graph. Darst.
HochschulschriftWien, Univ. für Bodenkultur, Dipl.-Arb., 2009
Anmerkung
Zsfassung in dt. Sprache
SpracheEnglisch
DokumenttypDiplomarbeit
Schlagwörter (DE)Fluoreszenz in situ Hybridisierung Prunus subhirtella Prunus incisa x serrula rDNS-Lokalisierung Karyotypisierung
Schlagwörter (EN)Fluoreszenz in situ hybridization Prunus subhirtella Prunus incisa x serrula rDNa-Localization Karyotyping
Schlagwörter (GND)Prunus / Rekombinante DNS / In-situ-Hybridisierung
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-11053 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
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Localization of rDNA genes by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) in Prunus species [1.91 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Prunus sp. umfasst einige der wichtigsten europäischen Obstarten, daher sind genetische Studien besonders wichtig. Prunus Arten mit einem sehr kleinen Genom haben eine grundlegende Anzahl von 8 Chromosomen und sind diploid (2n = 2x = 16) bis hexaploid (2n = 6x = 48). In dem Versuch, mit wissenschaftlichen Daten Fragen an transgene Nutzpflanzen zu beantworten, beinhaltet der erste Schritt die detaillierte genetische und molekulare Charakterisierung der transgenen Pflanzen. Bei der Erstellung des Karyotyps sowohl von PIS (P. incisa x serrula (GM 9) InmilR) als auch von PAR (Prunus subhirtella autumnalis rosea) konnte anhand der Größe nur Chromosom Nummer 1 eindeutig identifiziert werden. Deshalb wurde die FISH Methode gewählt, um die Anzahl und die physische Position der rDNS von PIS und PAR festzustellen. Um die Qualität der Sonde zu optimieren, wurden drei verschiedene Färbemethoden verglichen. In dieser Studie war die Färbung von pTA71, das die 45S rDNS beinhaltet, mittels Nick Translation nur erfolgreich, wenn das Plasmid linearisiert wurde. Obwohl die Färbung mittels PCR einen großen Fortschritt bedeutete, war sie durch die Größe der produzierten Sonde limitiert. Entsprechend der Größe der Chromosomen wurde ein Karyotyp erstellt. Die gleichzeitige Hybridisierung mit 5S rDNS und 45S rDNS, die mit zwei Farbstoffen markiert waren, erlaubte die Identifizierung von 4 Chromosomen des tetraploiden Genoms mit 2n = 4x = 32 Chromosomen von PIS und von 3 Chromosomen des diploiden Genoms (2n = 2x = 16) von PAR. Für PAR wurden 6 Signale für 45S rDNS auf den Chromosomen Nummer 2, 3 und 6 detektiert. Das Signal auf Chromosom Nummer 6 ist schwächer als die anderen Signale für 45S rDNS. Die 5S rDNS wurde in der Nähe der starken 45S rDNS Signale auf Chromosom Nummer 2 und 3 detektiert. Für PIS konnten 12 Signale für 45S rDNS und 4 Signale für 5S rDNS detektiert werden. Die Signale für 45S rDNS sind in der terminalen Region der Chromosomen Nummer 2, 3 und 6. Das Signal für 5S rDNS befindet sich auf Chromosom Nummer 7. Diese Studie ist der erste Bericht über die Anwendung von FISH zur Bestimmung der Anzahl und Lokalisierung der rDNS auf Chromosomen von PIS und PAR.

Zusammenfassung (Englisch)

Prunus sp. is one of the most important European fruit species, thus rendering genetic studies particularly interesting. Prunus species with a very small nuclear genome have a basic chromosome number of 8 and range from diploid (2n = 2x = 16) to hexaploid (2n = 6x = 48). In an attempt to provide scientific data answering the concerns about transgenic crops, the first step involves to characterize transgenic plants in detail at the genetic and molecular level. By karyotyping, both in PIS (P. incisa x serrula (GM 9) InmilR) and PAR (Prunus subhirtella autumnalis rosa), only chromosome number 1 could be clearly identified by its size. Therefore a FISH approach was chosen to determine the number and the physical position of rDNA in PIS and PAR. To optimize the probe quality three different labelling methods were used. In this study the labelling of pTA71, containing the 45S rDNA, by nick translation was only successful if the plasmid was linearized. Although PCR labelling method showed a great improvement for probe labelling, it was limited by the size of the produced probe. A karyotype according to the size of the chromosomes was established. The simultaneous double colour hybridization with the 5S rDNA and the 45S rDNA of the PIS chromosomes allowed the identification of four chromosomes of the tetraploid genome with 2n = 4x = 32 chromosomes, and of three chromosomes of the diploid (2n = 2x = 16) genome of PAR. For PAR 6 signals for 45S rDNA were detected on chromosomes number 2, 3 and 6. The signal on chromosome 6 is weaker than the other signals for 45S rDNA. The 5S rDNA was detected close to the strong 45S rDNA signals on chromosome number 2 and 3. For PIS 12 signals for 45S rDNA and 4 signals for 5S rDNA could be detected. The signals for 45S rDNA are on the terminal region of chromosomes number 2, 3 and 6. The signal for 5S rDNA is located on chromosome number 7. This study is the first report of using FISH to determine the number and the physical position of rDNA on chromosomes of PIS and PAR.