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Titelaufnahme

Titel
Islands and deserts: patterns of runs of homozygosity in chicken breeds / Juliet Orazietti
VerfasserOrazietti, Juliet
GutachterSölkner, Johann ; Weigend, Steffen ; Meszaros, Gabor ; Strandberg, Erling ; Boison, Solomon Antwi
Erschienen2015
Umfang78 S. : graph. Darst.
HochschulschriftWien, Univ. für Bodenkultur, Masterarb., 2015
SpracheEnglisch
DokumenttypMasterarbeit
Schlagwörter (DE)Run of homozygosity, inbreeding, gallus gallus, ROH, haplotype
Schlagwörter (EN)Run of homozygosity, inbreeding, gallus gallus, ROH, haplotype
Schlagwörter (GND)Huhn / Homozygotie
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-8854 Persistent Identifier (URN)
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Islands and deserts: patterns of runs of homozygosity in chicken breeds [7.36 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Runs of Homozygosity (ROH) sind lange homozygote Segmente des Genoms. Es gibt Regionen des Genoms, in denen besonders viele oder besonders wenige Individuen einer Population ROH teilen, diese werden oft als ROH Inseln und ROH Wüsten bezeichnet. Ein besseres Verständnis dieser Regionen kann helfen, züchterische Maßnahmen zur Erhaltung genetischer Duversität zu treffen. Während es zu ROH an sich recht viele Studien bei verschiedenen Spezies gibt, wurden ROH Inseln bislang nur beim Menschen und beim Rind untersucht. Die vorliegende Studie konzentriert sich auf folgende Fragen: Gibt es ROH Inseln und Wüsten, die über viele Hühnerrassen hinweg Bestand haben? Sind diese Regionen reich oder arm an Genen? Welche Art von Genen findet man dort? Welche Haplotypendiversität finden wir in den Regionen und wie sind die Beziegungen der Haplotypen zueinander? 82 Hühenrrassen aus Europa und Asien wurden untersucht, darunter viele Rassegeflügeltypen (fancy breeds), kommerzielle Linien von Legehennen und Broilern sowie zwei Wildrassen (Red Jungle Fowl). Insgesamt 1677 Tiere wurden mit dem Affymetrix Axion ® Genome-Wide Chicken Genotyping Array 600k SNP Chip genotypisiert und fanden Eingang in diese Untersuchung. ROH Inseln waren häufig und wurden in Makro- und Mikrochromosomen gefunden. Sie waren über Rassen hinweg vorhanden und deshalb wohl genetisch sehr alt. Eine Reihe von Genen verschiedenster Funktion wurde in Inseln entdeckt. Ähnliche ROH-Haplotypen wurden in sehr unterschiedlichen Rassen gefunden, was auch eine sehr rezente Separierung der Rassen bzw. auf Admixtur/Kreuzung schließen lässt. Die Muster der ROH Inseln und Wüsten sind deutich anders als beim Menschen und beim Rind. Dies erfordert neue Ansätze zur Unteruchung dieser faszinierenden Regionen des Genoms.

Zusammenfassung (Englisch)

Runs of homozygosity (ROH) are long, contiguously homozygous portions of the genome. Regions have emerged where a very large or small proportion of the population share a ROH; these regions are called ROH islands or deserts. By understanding the diversity in a population and where that diversity, or lack thereof, is in the genome, breeders will be able to preserve diversity, target production-related alleles, and understand how individuals and populations are related. Studies on ROH have been done in humans, cattle, pigs, and chickens. ROH islands, have, until now, only been identified in humans and cattle. In this study we try to answer the following questions: Do we find ROH islands and deserts that occur across a wide spectrum of chicken breeds with different breed history and origin and if so, where? How gene dense are islands and deserts and how do they compare with the rest of the genome? What genes do we find in islands and deserts? What level of haplotype diversity is found in islands and how are the various haplotypes related? Eighty-two diverse populations of chickens from Europe and Asia were analysed including fancy breeds, commercial lines of layers and broilers, and two populations of Red Jungle Fowl. Populations were genotyped using the Affymetrix Axion ® Genome-Wide Chicken Genotyping Array 600k chip, 1677 individuals were analyzed in this study. We found that ROH islands and deserts occur frequently in macro- and microchromosomes. Islands are found across all breed groups and are likely ancestral in origin. A wide range of genes with varying functions and pathways are found in islands. The haplotypes discovered in islands are mainly shared across breed groups indicating very recent separation of breeds. The patterns of islands and deserts found in chickens is clearly different from those found in other species. This necessitates a unique approach to the search for, and interpretation of, these fascinating regions.