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Titelaufnahme

Titel
Genetic contribution of important ancestors in a cattle population / Dinesh Moorkattukara Thekkoot
VerfasserMoorkattukara Thekkoot, Dinesh
GutachterSölkner, Johann
Erschienen2009
UmfangIX, 47 Bl.
HochschulschriftWien, Univ. für Bodenkultur, Masterarb., 2009
Anmerkung
Zsfassung in dt. Sprache
SpracheEnglisch
DokumenttypMasterarbeit
Schlagwörter (DE)Genomische Ähnlichkeit, Identität durch Abstammung, SNP
Schlagwörter (EN)Genomic similarity, identity by descent, SNP
Schlagwörter (GND)Simmentaler Rind / Genanalyse / SNP / Zuchtbulle
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-5597 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
 Das Werk ist frei verfügbar
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Genetic contribution of important ancestors in a cattle population [0.31 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Die Studie beschäftigt sich mit der Schätzung der genomischen Beiträge einiger wichtiger Bullen zu einer Gruppe von jungen Stieren in der Population von Fleckvieh in Österreich und Deutschland. Dazu nutzen wir eine der wichtigsten Entwicklungen im Bereich der Genomik, High-Density Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-Chips. Die genotypisierten Stiere stammen aus zwei Projekten zur genomsichen Selektion in Deutschland und Österreich. Die Genom-weite und Chromosom-weite Wahrscheinlichkeit von IBD zwischen den Großeltern und Enkeln wich im Durchschnitt nicht wesentlich vom Erwartungswert ab, individuell gab es eine große Streuung des Anteils des Genoms, der von einem Großvater an verschiedene Enkel weitergegeben wurde. In einer zweiten Analyse wurde die Länge, Anzahl und Größe von homozygot chromosomalen Segmente in zwei Gruppen von Stieren - ingezüchtet und nicht ingezüchtet - untersucht. Das Ergebnis zeigt, dass Inzucht einen erheblichen Einfluss auf diese Parameter, insbesondere auf die Anzahl der Segmente mehr als 50 Markern hat. Schließlich wurde die Korrelation zwischen der genomischen Ähnlicheit und der Pedigree-Verwandschaft aller genotypisierten Stiere in diesem Projekt untersucht. Die Korrelation dieser Werte ist im Bereich von 0.50.

Zusammenfassung (Englisch)

Estimating genomic similarities among animals belonging to different generations is one of the fundamental challenges for animal breeders. However no empirical measure of his relatedness throughout the whole genome of cattle has yet been published. By utilising the Single Nucleotide Polymorphism information we, in this thesis, describe a genome wide and chromosome wide probability of sharing one of the alleles to be identical by descent (IBD) between grandparents and grandsons. Genotypic information was collected from 1764 breeding bulls belonging to the Simmental breed using 50K chip from Illumina. The genome wide probability for one allele to be IBD did not differ significantly from the expectation and the correlation with the breeding values for different traits did not manifest a particular trend. The results from the analysis performed to estimate the length, number and size of homozygous chromosomal segments in inbred and non inbred bulls shows a very strong inclination that these parameters are strongly influenced by inbreeding. Finally in this study, in order to estimate the correlation between pedigree relationship and genomic relationship, we compared the pair wise coefficient of coancestry calculated using pedigree relationship to the genomic parameters like IBD of 0, 1 and 2 allele, total proportion IBD and the number of non missing loci which are in identity by state for either 0, 1 or 2 allele. A medium level of correlation was observed for some of the genomic traits to the pedigree relationship.