Go to page
 

Bibliographic Metadata

Title
Genetic and geographic diversity of Gyr (Bos indicus) cattle in Brazil / Yu Wang
AuthorWang, Yu
Thesis advisorSölkner, Johann ; Mészáros, Gábor ; Silva, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da
Published2015
Description33 Bl. : graph. Darst., Kt.
Institutional NoteWien, Univ. für Bodenkultur, Masterarb., 2015
Annotation
Zsfassung in dt. Sprache
LanguageEnglish
Document typeMaster Thesis
Keywords (DE)Gyr; genetische Diversität; SNPs; genetische Distanz; geografische Distanz
Keywords (EN)Gyr cattle; biodiversity; SNPs; genetic distance; geographical distance
Keywords (GND)Brasilien / Zebu / Genetische Variabilität
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-810 Persistent Identifier (URN)
Restriction-Information
 The work is publicly available
Files
Genetic and geographic diversity of Gyr (Bos indicus) cattle in Brazil [1.01 mb]
Links
Reference
Classification
Abstract (German)

Das Gyr (Bos indicus) ist eine der wichtigsten Rinderrassen zur Milchproduktion in tropischen Gebieten. Diese Studie untersuchte die genetische Diversität der Rasse und den Zusammenhang zwischen genetischer und geografischer Distanz. Es wurden 588 Kühe von sieben Herden mit unterschiedlicher geografischer Lage aus zwei Brasilianischen Staaten für 45797 Einzelnukletid-Polimorphismus (SNP) Marker genotypisiert. Eine Teilmenge von 9176 SNP wurden zur Bestimmung der genetischen Diversität verwendet. Die insgesamte Heterozygotie der Gesamtpopulation lag bei 0.264 0.158, wobei keine signifikanten Unterschiede zwischen den einzelnen Herden festgestellt werden konnten. Der Durchschnitt der genetischen Differenz zwischen allen Herden wurde mit dem FST Wert gemessen und betrug 0.050 0.041. Ein FIT Wert für die gesamte Population von 0.019 0.058 sowie ein FIS Wert von -0.031 0.047 zeigen einen Überschuss an Heterozygoten. Der Inzuchtgrad wurde als jener Anteil des Genoms der sich in „Runs of Homozygosity“ befindet gemessen und betrug 0.0537. Die Berechnung der effektiven Anzahl an Migranten pro Generation (Nm) ergab 3.49. Mit 532 km befand sich der größte geografische Abstand zwischen Herde_265 und Herde_551. Ebenso waren der FST Wert und Nei's genetische Distanz zwischen Herde_265 und Herde_551 am größten mit den entsprechenden Werten von 0.077 und 0.02. In der Hauptkomponentenanalyse (PCA) wies die erste Hauptkomponente 4.895% der gesamten Varianz aus und die zweite Hauptkomponente stand für 2.526% der Variation. Die Anwendung von Roussets Methode der Isolation durch Distanz zeigte einen linearen Zusammenhang zwischen genetischer und geografischer Distanz, wobei dieses Modell 29.89% der gesamten Varianz erklärt. Der Mantel Test, welcher Matrizen mit geografischer Distanz und genetischer Distanz vergleicht, zeigte beinahe signifikant, dass diese beiden Arten von Distanzen positiv miteinander korrelieren (r=0.624, P=0.068).

Abstract (English)

The Gyr cattle breed (Bos indicus) has become an important breed for milk production throughout the tropical areas. This study investigated the genetic diversity and the relationship between genetic distance and geographic distance. In total, 588 Gyr cows of seven herds from different geographical locations of two states in Brazil were genotyped for 45797 single nucleotide polymorphism (SNP) markers and a subset of 9176 SNP were used to assess genetic diversity. The overall expected heterozygosity of total population was 0.264 0.158, and there was no significant difference between herds. The average of genetic differentiation among all herds measured as FST value was 0.050 0.041. FIT value for the whole population was 0.019 0.058 while the FIS value for the whole population was -0.031 0.047, showing an excess of heterozygotes. Genome wide level of inbreeding based on proportions of the genome being in runs of homozygosity was 0.0537. The assessment of the effective number of migrants by generation (Nm) was 3.49. The largest geographic distance between subpopulations in this study was between Herd_265 and Herd_551 with a spatial distance of 532 km. Both FST and Nei's genetic distance were also greatest between Herd_265 and Herd_551 with values of 0.077 and 0.022 respectively. In the principle component analysis (PCA), the first principle componentaccounted for 4.895% of the total variance and the second principle component condensed 2.526% of the variation. The application of Rousset's isolation by distance method provided a linear relationship between genetic distance and geographical distance: F_ST/(1-F_ST )=-0.035+0.014 ln(d); with 29.89% of the variance explained by this model. The Mantel test, comparing matrices of geographical and genetic distances indicated a positive correlation between those two types of distance, with a trend toward significance (r=0.624, P=0.068).