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Titelaufnahme

Titel
hnRNP M and its interactors : a liquid yeast two-hybrid study / eingereicht von Robin Ristl
VerfasserRistl, Robin
Betreuer / BetreuerinGrillari, Johannes
Erschienen2007
Umfang97 Bl. : Ill., graph. Darst.
HochschulschriftWien, Univ. für Bodenkultur, Dipl.-Arb., 2007
SpracheEnglisch
Bibl. ReferenzOeBB
DokumenttypDiplomarbeit
Schlagwörter (DE)hnRNP M, CDC5L Komplex, pre-mRNA Spleißen, Liquid Yeast Two-Hybrid
Schlagwörter (EN)hnRNP M, CDC5L complex, pre-mRNA splicing, Liquid Yeast Two-Hybrid
Schlagwörter (GND)Heterogene Ribonucleoproteine / RNS-Spleißen / Cell division cycle 5-like
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-626 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
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hnRNP M and its interactors [3.77 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Heterogene nukleare Ribonukleoproteine (hnRNPs) sind RNA bindende Proteine, die vor allem im Zellkern vorkommen. Sie sind an den verschiedenen Vorgängen des RNA Metabolismus beteiligt. hnRNP M hat möglicherweise eine regulierende Funktion im pre-mRNA Spleißen. Das Hauptziel dieser Arbeit war, die Interaktionsdomäne von hnRNP M mit CDC5L und PLRG1 zu finden. CDC5L und PLRG1 gehören zum Kern des CDC5L Komplexes, der essentiell für das Spleißen aber auch an DNA Reparaturvorgängen beteiligt ist. Um die Interaktionsdomäne zu identifizieren, wurde die neue Methode Liquid Yeast Two-Hybrid entwickelt und angewandt. Im Yeast Two-Hybrid System werden Proteininteraktionen durch Wachstum des Reporterstammes angezeigt. Im Liquid Yeast Two-Hybrid wächst der Reporterstamm in flüssigem Medium und auch sehr kleine Zunahmen seiner Biomasse werden durch regelmäßige photometrische Messungen erfasst. Mit dieser Methode wurde die Interaktionsdomäne zu sowohl CDC5L als auch PLRG1 zwischen den Aminosäuren 345 und 583 der hnRNP M Spleißvariante 2 gefunden. Es wurde beobachtet, dass hnRNP M einen negativen Effekt auf den Reporterstamm hat. Hefezellen, die mit hnRNP M und PLRG1 transformiert waren, waren im zellulären Wachstum deutlich gehemmt. Deshalb war die Anwendung des herkömmlichen Yeast Two-Hybrid Protokolls nicht möglich. Zusätzlich wurde ein Yeast Two-Hybrid Library Screening vorbereitet, um neue Interaktionspartner des Proteins NOPSI, dessen Gen zu den im Wiliams-Beuren Syndrom deletierten gehört, zu finden.

Zusammenfassung (Englisch)

Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs) are an abundant group of RNA binding proteins. They are involved in various aspects of RNA metabolism. hnRNP M has been suggested to have a regulatory function in pre-mRNA splicing. Main aim of this work was to find the interaction domain of hnRNP M with CDC5L and PLRG1. CDC5L and PLRG1 are core members of the CDC5L complex, which is essential for pre-mRNA splicing and is also involved in DNA repair. For interaction domain mapping the new method of Liquid Yeast Two-Hybrid was developed and applied. In the Yeast Two-Hybrid system growth of the reporter strain indicates protein-protein interactions. In the new Liquid approach even small increases in reporter strain biomass are detected by consecutive photometric measurements. Using this method the interaction domain with both CDC5L and PLRG1 was identified within amino acids 345 and 583 of the hnRNP M splicing variant 2. hnRNP M was found to have a detrimental effect on the yeast reporter strain, visibly inhibiting increase in cell size when co-transformed with PLRG1. This effect initially impeded use of the standard Yeast Two-Hybrid approach. In addition, a Yeast Two-Hybrid Library screening for novel interaction partners of NOPSI, a protein that is genetically deleted in Williams-Beuren syndrome patients, was prepared.