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Titelaufnahme

Titel
microRNAs as tools for CHO cell engineering : in silico annotation of novel microRNAs from updated genomic data / Diendorfer Andreas Bernhard
VerfasserDiendorfer, Andreas Bernhard
GutachterBorth, Nicole ; Hackl, Matthias
ErschienenWien, 2015
UmfangII, 35 Blätter : Illustrationen, Diagramme
HochschulschriftUniversität für Bodenkultur Wien, Univ., Masterarbeit, 2015
Anmerkung
Zusammenfassung in deutscher Sprache
SpracheEnglisch
DokumenttypMasterarbeit
Schlagwörter (DE)mikroRNA Chinese hamster ovary cell Next-generation sequencing
Schlagwörter (EN)microRNA Chinese hamster ovary cell next-generation sequencing
Schlagwörter (GND)CHO-Zelle / miRNS
URNurn:nbn:at:at-ubbw:1-256 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
 Das Werk ist frei verfügbar
Dateien
microRNAs as tools for CHO cell engineering [3.92 mb]
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

MicroRNAs sind kurze regulatorische RNAs, die im zellulären Stoffwechsel eine wichtige Rolle spielen. Sie binden sequenzspezifisch mRNA und führen damit entweder zum Abbau der mRNA oder inhibieren die Proteinbiosynthese an den Ribosomen. Ihr Einfluss auf den komplexen Stoffwechsel macht sie zu einem interessanten Werkzeug und Forschungsobjekt in der Optimierung von biotechnologischen Prozessen. CHO-Zellen (Chinese Hamster Ovary) sind die meistgenutzte tierische Zelllinie in der Produktion von therapeutischen Proteinen wie Antikörpern oder Enzymen. Den Einfluss und die Rolle von microRNA in diesem Produktionssystem zu verstehen, ist ein wichtiger Teil der Forschung zur Optimierung von CHO Bioprozessen. Die letzten Jahre brachten viele neue Errungenschaften auf dem Gebiet der Sequenzierung. Kostengünstige und schnelle Techniken (next-generation sequencing) ermöglichten die Sequenzierung von CHO oder Cricetulus griseus (die Hamsterart, aus der die ursprünglich Zelllinie isoliert wurde) Genomen und eröffneten damit viele neue Möglichkeiten zur Erforschung von microRNAs. Ziel dieser Studie war die Annotation von neuen microRNAs in CHO Zellen, basierend auf den kürzlich veröffentlichten CHO Genomen. Evolutionär konservierte microRNA Sequenzen aus anderen Spezies wurden in den Genomen gesucht und deren Expression mittels Next-generation Sequencing bestätigt. Die so gefundenen, bisher unbekannten, microRNAs wurden in miRBase, einer zentralen microRNA Datenbank, veröffentlicht.

Zusammenfassung (Englisch)

microRNAs (miRNAs) are short, non-coding RNA molecules that play a powerful and critical role in post-transcriptional control of gene expression. These 22 nucleotides long sequences detect mRNA and induce mRNA down-regulation by either cleavage or inhibition of translation. Given their influence on a cells metabolic network, they are highly interesting tools in cell engineering. Chinese hamster ovary (CHO) cell lines are the working horses of pharmaceutical biotechnology when it comes to the production of therapeutic biomolecules like antibodies or enzymes. Understanding the roles miRNAs play on the metabolic playground is a promising field when aiming to optimize the production of these important molecules. miRNAs provide us novel strategies to influence growth, productivity, and other parameters. The last years gave rise to a great amount of knowledge, but still leave many questions about miRNAs unanswered. With the advent of new methods like next-generation sequencing, this field can be explored on a new level. Genomic sequences allow the discovery of novel miRNAs with in silico experiments and miRNA-transcriptome sequencing provide the biological evidence of these findings. The aim of this study was to identify novel miRNAs in CHO cells to further expand the list of possible miRNA-engineering targets. We used recently published genomic data of CHO or Cricetulus griseus (the originating species of CHO) cells and next-generation sequencing to annotate evolutionary conserved miRNAs. The identified miRNAs were added to miRBase, a centralized registry for miRNAs.